O Mestrado em Ensino tem uma estrutura curricular flexível que possibilita o aprofundamento dos estudos pelos alunos, distribuída em disciplinas obrigatórias e optativas, atividades complementares e dissertação de Mestrado.
O Programa do curso de mestrado é constituído por disciplinas obrigatórias, disciplinas eletivas e atividades acadêmicas. Para fazer jus ao título de Mestre(a) em Ensino, o(a) aluno(a) deverá cumprir um total de 42 créditos, sendo 24 créditos em disciplinas obrigatórias, 8 créditos em disciplinas eletivas, 6 créditos em atividades acadêmicas obrigatórias (dissertação) e 4 créditos em atividades acadêmicas complementares, além da proficiência em língua adicional e da qualificação, que se constituem atividades acadêmicas, mas não contabilizam créditos.
O Programa do curso de Doutorado em Ensino é constituído por disciplinas obrigatórias, disciplinas eletivas, disciplinas de orientação e atividades acadêmicas. Para fazer jus ao título de Doutor(a) em Ensino, o(a) aluno(a) deverá cumprir um total de 65 créditos, sendo 32 créditos em disciplinas obrigatórias, 16 créditos em disciplinas eletivas, 9 créditos em atividades acadêmicas obrigatórias (dissertação) e 8 créditos em atividades acadêmicas complementares, além destes créditos é obrigatória a comprovação de proficiência em duas línguas estrangeiras e realização de duas qualificações e uma defesa de tese, que se constituem atividades acadêmicas, mas não contabilizam créditos.