São órgãos que compõem a estrutura da Reitoria e cuja função é a de coordenar as atividades fins (ensino de graduação, pesquisa, extensão e ensino de pós-graduação) e as atividades meio (administração de recursos humanos, planejamento e execução orçamentária e financeira).
A UERN possui sete Pró-Reitorias:
Pró-Reitoria de Graduação – PROEG
Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação – PROPEG
Pró-Reitoria de Extensão – PROEX
Pró-Reitoria de Administração – PROAD
Pró-Reitoria de Gestão de Pessoas – PROGEP
Pró-Reitoria de Planejamento, Orçamento e Finanças – PROPLAN
Pró-Reitoria de Assuntos Estudantis – PRAE
