As pesquisas realizadas possuem como perfil principal o estudo da vida microscópica e as interrelações da mesma com o ambiente externo e com o microambiente fisiológico, incluindo as relações de defesa imunológica. Tem por objetivo o estudo de aspectos relacionados à diversidade biológica do mundo microscópico e suas interações com o ambiente e com as populações de outros seres vivos, visando compreender os mecanismos ecofisiológicos, imunopatológicos, genéticos e bioquímicos, bem como quaisquer outros aspectos de interesse geral, tecnológico ou biológicos relacionados à existência, adaptação e reprodução desses organismos no meio onde ocorrem. Nesse sentido, são desenvolvidas atividades de pesquisa que buscam entender a interrelação dos microrganismos, com ênfase nos microorganismos e organismos parasitários, com o meio interno dos seus hospedeiros, quando de interesse médico ou veterinário, e também com o meio ambiente, nas suas fases de vida livre ou como formas de resistência. O laboratório também se dedica ao estudo da fisiologia humana e dos elementos de resposta imune contra os patógenos microscópicos, seja na sua forma inata ou durante a resposta parasitohospedeiro.