O Campus da Uern em Natal foi criado oficialmente em 13 de de junho de 2002, através da resolução de n° 003/2002, assinada pelo então reitor José Walter da Fonseca, e por decisão do Conselho Universitário (Consuni), que também determinou o funcionamento da unidade na zona Norte da cidade, onde já residia cerca de metade da população da capital, sem que até então houvesse uma universidade pública lá localizada.
Autorizada pelo então governador do Estado e chanceler da UERN, Fernando Antônio da Câmara Freire, a universidade iniciou atividades, instalada na Biblioteca Escolar Professor Américo de Oliveira Costa, no bairro Potengi e ofertando inicialmente os cursos de graduação em Ciências da Religião (licenciatura), Ciência da Computação (bacharelado), Direito (bacharelado) e Turismo (bacharelado).
As aulas das primeiras turmas da Uern Natal foram iniciadas no dia 2 de setembro de 2002.
No dia 19 de setembro de 2005 foi inaugurado o bloco Prof.ª. Roberta Cláudia Bezerra Soares, com seis salas.
Devido ao crescimento da comunidade acadêmica e sem espaços disponíveis para a Uern ocupar na zona Norte, a unidade foi transferida temporariamente para a zona Sul, onde funcionou por mais de uma década.
O retorno para a zona Norte se deu gradualmente. Inicialmente para o Complexo Cultural de Natal, inaugurado e entregue à Uern pela então governadora Wilma de Faria, em 2010.
Atualmente a estrutura se chama Complexo Cultural da Uern e abriga a EdUCA, escola de extensão que oferece cursos, oficinas, atividades culturais e modalidades esportivas para a população circunvizinha.
O CCUern também abriga o Núcleo de Prática Jurídica, através do qual alunos de Direito, orientados por docentes da instituição, oferecem orientações, mediações e serviços advocatícios gratuitos a residentes da zona Norte de Natal.
Em 2013, a Uern Natal passou a oferecer também o curso de Ciência e Tecnologia (bacharelado).
Em 25 de maio de 2022, após 13 anos de obras e 20 anos de criação desta unidade acadêmica, a governadora Fátima Bezerra inaugurou o prédio sede da Uern Natal, na Avenida João Medeiros Filho, bairro Potengi, onde funciona hoje.
“Se os governantes não construírem escolas, faltará dinheiro para construir presídios”, disse a governadora Fátima Bezerra no discusso de inauguração o prédio sede da Uern Natal, repetindo célebre frase de sociólogo Darcy Ribeiro, e lembrando que, naquele momento o Rio Grande do Norte concretizava justamente o contrário, ao instalar uma universidade onde funcionou uma unidade prisional: a Penitenciária Dr. João Chaves, conhecida como o “Caldeirão do Diabo”, pelo histórico de violência.
