Os reitores da Uern eram escolhidos a partir de uma lista tríplice elaborada pelo Conselho Curador e enviada para análise do prefeito de Mossoró.

Outro detalhe é que quando a primeira reitora da Uern, Maria Gomes de Oliveira, foi escolhida, em 1972, os poderes do cargo foram divididos, ficando a reitora à frente das questões acadêmicas e o presidente da Fundação Universidade Regional do Rio Grande do Norte (Furrn) cuidando da parte administrativa.

Somente em 1983 os cargos foram unificados.

Em 1985 iniciou-se, com a ascensão de padre Sátiro Cavalcanti ao cargo de reitor, o processo que levaria a Uern a ser estadualizada em 1987.

Com a mudança de status, a comunidade acadêmica passa a ter o direito de definir quem seria reitor e vice, uma regra que vigora até os dias atuais. A primeira eleição direta foi realizada em 1989 aplicando o sistema de pesos, com o voto do professor valendo 70% enquanto de técnicos e discentes era 15% cada.

O primeiro reitor eleito pelo voto direto foi o professor Gonzaga Chimbinho, derrotando João Batista Xavier e ficando Lúcio Ney em terceiro.

Desde o início, a Uern adotou o sistema de voto separando reitor e vice em chapas diferentes.

O primeiro reitor reeleito da Uern foi Walter Fonseca em 2001. Como já tinha exercido o reitorado por 120 dias em 1983, ele é até hoje o único a cumprir três mandatos de reitor na Uern.

Depois dele, Milton Marques e Pedro Fernandes também foram reeleitos, sendo este último o primeiro a vencer uma eleição com paridade entre os três segmentos acadêmicos.

Confira a lista de presidentes e reitores da Uern:

JOÃO BATISTA CASCUDO RODRIGUES

Reitor Fundador

Período da gestão: 28 de setembro de 1968 a janeiro de 1973

FRANCISCO CANINDÉ QUEIROZ E SILVA

Presidente

Período da gestão: 22 de fevereiro de 1973 a junho de 1975

GABRIEL FERNANDES DE NEGREIROS

Presidente

Período da gestão: 03 de janeiro de 1975 a fevereiro de 1976.

MARIA GOMES DE OLIVEIRA

Reitora

Período da gestão: janeiro de 1973 a janeiro de 1977

Vice-reitor: Élder Heronildes da Silva

ELDER HERONILDES DA SILVA

Reitor

Período da gestão: 19 de janeiro de 1977 a janeiro de 1981

Vice-reitor: Genivan Josué Batista

GENIVAN JOSUÉ BATISTA

Reitor

Período da gestão: 8 de janeiro de 1981 a março de 1983.

Vice-reitor: Elder Heronildes da Silva

JOSÉ WALTER DA FONSÊCA

Reitor pro tempore

Período de gestão: de março a junho de 1983

Vice-reitor: Elder Heronildes da Silva

LAPLACE ROSADO COELHO

Presidente

Período da gestão: 19 de fevereiro de 1976 a fevereiro de 1983

Reitor pro tempore:

Período da gestão: 17 de junho de 1983 a julho de 1983

Reitor: 12 de julho de 1983 a agosto de 1985

Vice-reitor: Elder Hernildes da Silva

SÁTIRO CAVALCANTI DANTAS

Reitor pro tempore

Período da gestão: agosto de 1985 a julho de 1987

Vice-reitor: Antônio de Farias Capistrano

ANTÔNIO DE FARIAS CAPISTRANO

Reitor

Período da gestão: julho de 1987 a setembro de 1989

Vice-reitor: Josafá Inácio da Costa

ANTÔNIO GONZAGA CHIMBINHO

Reitor

Período da gestão: setembro de 1989 a setembro de 1993

Vice-reitor: Maria das Neves Gurgel de Oliveira Castro

MARIA DAS NEVES GURGEL DE OLIVEIRA CASTRO

Reitora

Período da gestão: setembro de 1993 a setembro de 1997

Vice-reitor: José Walter da Fonseca

JOSÉ WALTER DA FONSÊCA

Reitor

Período da gestão: setembro de 1997 a setembro de 2001

Vice-reitor: Lúcio Ney de Souza.

Segunda gestão: setembro de 2001 a setembro de 2005

Vice-reitora: Olga de Oliveira Freire

MILTON MARQUES DE MEDEIROS

Reitor

Período da gestão: setembro de 2005 a setembro de 2013

Vice-reitor: Aécio Cândido de Sousa

PEDRO FERNANDES RIBEIRO NETO

Reitor

Vice-reitor: Aldo Gondim Fernandes (2013 até 2017)

Vice-reitora: Fátima Raquel Rosado Morais (desde 2017)

Período da gestão: setembro de 2013 aos dias atuais.